Στην εξωσωματική γονιμοποίηση σε φυσικό κύκλο γίνεται ωοληψία χωρίς καθόλου διέγερση των ωοθηκών ή με μικρή διέγερση των ωοθηκών τις τελευταίες μέρες πριν την ωοληψία (τροποποιημένος φυσικός κύκλος). Παρά το γεγονός οτι η κλασική εξωσωματική γονιμοποίηση έχει καλύτερες πιθανότητες επιτυχίας, σε κάποιες περιπτώσεις είτε τα ζευγάρια επιλέγουν είτε ο γιατρός προτείνει εξωσωματική σε φυσικό κύκλο. Σε άλλες περιπτώσεις επιλέγεται η διέγερση με χαμηλή δόση φαρμάκων (mini IVF).